在考古调查的基础上进行的发掘。分为：因为盗墓、工程建设而进行的抢救性发掘，为解决某课题而进行的主动发掘。发掘通常采用开掘探沟或探方的方法，依据地层学原理，依照遗址中文化层的层次作井然有序的发掘，以正确判断遗存间的相对早晚关系（见考古年代学）。对于墓葬，则注意清理有无封土、葬具、尸骨和随葬品，近些年特别注意有无埋葬过程的遗迹现象。对房址，根据不同地区不同时期有不同的注意事项，主要则是注意清理房屋面向、柱洞、有无夯筑、灶台、周围有无散水以及能否根据屋内残迹推断出梁架结构等。窑址的发掘和房址近似。发掘中用照相、测绘、文字记录等各种方法记录文化层堆积情况和遗迹、遗物状况，并全面收集、登记出土物。发掘的原则全面收集遗物记录遗迹现象，是要能够根据记录和出土物恢复遗址和墓葬的原貌，并照顾好遗址为今后的进一步发掘作准备。对重要遗址有时还制作模型，或建立遗址博物馆保存现场。