江苏省博物馆学会、考古学会、民俗学会和吴文化学会都挂靠在南京博物院，自上个世纪70年代后期起，以学会为依托，先后开展了“长江下游史前文化研究”、“红楼梦研究”、“吴文化研究”等研究活动。由四个学会合办的《文博通讯》，经过十余年的发展，成为公开发行的《东南文化》杂志，是国内外文博、考古界的重要学术刊物，连续被评为省内10种优秀社科杂志之一，2001年还被列为“中国期刊方阵”的“双效”刊物。进入21世纪以来，南京博物院立足江苏，放眼全国，主办或承办的“中国文物保护技术协会第五次全国代表大会” 、“中国数字博物馆论坛暨中国博物馆学会博物馆数字化专业委员会2006年会”等一系列学术活动都获得较好的反响。