明成化十九年（公元1483年），复置壁山县，属重庆府，原辖地不变，分为十里百甲，龙溪里、普安里、燕平里、磨滩里、壁山里、水东里、枫香里、横山里、登云里、沙山里为县十里， 县府驻地壁山里(今璧城街道)。清同治《璧山县志》记载：“明成化十九年复置璧山县后，全县分为十里百甲，龙溪、普安、燕平、磨滩、壁山、水东、枫香、横山、登云、沙山为县十里。”
明朝嘉靖十一年(公元1532年)，壁山改壁为璧，称为璧山。究其原因，是“昔人云四山如璧，又云山出白石，明润如玉，故名璧山。”（明朝江朝宗《新建璧山县记》）。 清初，全县改编为二里十三甲。清康熙元年（公元1662年），以“户口尚少，停壁山县铨，以永并治之”（即由永川县代管）。
清雍正七年（公元1729年），复置璧山县，隶属川东道重庆府，原辖地基本不变。因原县城残破，衙署无存，短时寄治来凤驿。
清雍正十年（公元1732年）县令奉文在今璧城重建。
清乾隆二十四年（公元1795年），巴县缙云山（包括北温泉）以西之西祥里（后更名为依来里）划归璧山，全县便有磨滩里（福禄里，简称福里，在县中部）七甲，登云里（简称登里，在县南部）六甲，西祥里（依来里，简称依里，在县北部）八甲，共三里二十一甲。
清光绪初年，全县辖三里37场5段，县府驻地改名本城场(今璧城街道)。