日本跟中国、韩国、俄罗斯三国都有领土争议。
钓鱼岛/尖阁诸岛
位于中国台湾省东北方向，琉球群岛西南，在中国元朝纳入中国版图。中国大陆地区和台湾地区称钓鱼岛或钓鱼台（日本称尖阁诸岛），在中国的行政区划中属台湾地区管辖、在台湾地区的行政区划中属宜兰县管辖；但现由日本实际控制。美国在1972年移交琉球群岛的行政管辖权时把钓鱼岛一同移交的举动曾引发香港学生示威，而中国大陆地区、香港和台湾地区也有民间人士参与了保钓运动。
千岛列岛/北方四岛
日本政府一直宣称对在二战期间被苏联占领，苏联解体后仍然由俄罗斯控制的千岛列岛最南端的国后、择捉、齿舞、色丹四岛（日本称北方四岛）、北部千岛列岛、南桦太（库页岛）拥有主权。
独岛/竹岛
日本亦宣称他们拥有位于日本海的竹岛（韩国称“独岛”）的主权，该岛现由韩国控制。