约公元1世纪，日本各地有100多个小国（其中有的与东汉建立了外交关系）。后来，这些小国逐渐统一。
到了公元4世纪，在关西地方建立了比较大的国家，据说最终将它们统一起来的是当今天皇族的祖先。当时，日本国的范围包括本州西部、九州北部及四国。
于是，经过了漫长的岁月，国家才得以统一。所以很难对日本国诞生的确实年代作出准确的判定。据《古事记》和《日本书纪》记载，第一代天皇——神武天皇于公元前660年建国并即位，即位日相当于现在的公历2月11日，因此就把这一天定为“建国纪念日”。神武天皇，是圣德太子曾借道教辛酉年之说，编排的“皇纪”。推古九年正好是辛酉年，也是圣德太子在斑鸠宫推行改革的年份。辛酉年每60年出现一次，亦称一轮。按道皇居二重桥教的说法，每一轮辛酉年是发生变革之年。而第21轮的辛酉年则是发生彻底的大变革之年。
于是，圣德太子以推古九年（601年）为起点再往上推第21轮的辛酉年为日本建国之年。规定该年的阴历一月一日为神武天皇登极之日(阳历为2月21日)。按照这种推算法，公元1990年是皇纪2649年。结果把皇统向前多推算了大约一千年。在这一千年的空白中人为地安插了10位虚构的天皇。圣德太子按照这种逻辑编修了日本史。后人便加以延用至今。
幕府时代
在12世纪，日本形成了称霸关西的平氏和称霸关东的源氏两大势力集团。1167年，平氏集团首领平清盛任太政大臣，从此武士开始掌握实权。源氏和平氏两大集团在1180年与1185年爆发两次战乱。此后，各武士集团之间争斗不断，先后出现了室町幕府和江户幕府（又称德川幕府）统治的时代。期间日本爆发多次大规模的农民起义，并多次对外征战，是的这一时期的日本政治混乱内忧外患频发。
明治维新
明治维新是在日本19世纪进行的一次政治革命，他推翻了德川幕府的统治，在政治、经济和社会等方面实行大改革，促进了日本的现代化和西方化。明治维新的主要领导人是一些青年武士，他们以“富国强兵”为口号，企图建立一个能同西方并驾齐驱的国家。1871年废藩置县，摧毁了所有的封建政权。同年成立新的常备军。1873年实行全国义务兵制和改革农业税。另外还统一了货币。明治政府在1885年实行内阁制，翌年开始制宪，1889年正式颁布宪法，1890年召开第一届国会。在政治改革的同时，也进行经济和社会改革。明治政府的主要目标是实现工业化。军事工业以及交通运输业都得到大发展。1872年建成第一条铁路，1882年成立新式银行。直到20世纪初，明治维新的目标基本上已经完成，日本成为了亚洲强国。
迅速崛起的世界强国
第二次世界大战，日本战败投降，法西斯军国主义彻底失败。20世纪60年代，日本政府制定了《农业基本法》，通过法律使大批农民涌入城市，以补充工业发展对劳动力的需求，使得日本经济实现了长期持续高速增长。1968年日本国民生产总值大幅度提高，成为资本主义世界仅次于美国的第二经济大国。