（一）社区居民的医疗管理问题
1.关于建立居民健康档案
社区居民是社区卫生服务的主要对象，而且是长期居住在社区周围的居民。对于社区中的中老年人来说，易多发常见病和慢性病，社区医疗是其首选的卫生服务形式。对于社区中其他的年轻居民来说，虽然其患病比率相对比较低，但是如果年轻人一旦患病直接到二级以上医院就诊，这不但缓解不了大医院人满为患的局面，而且同时也造成了社区卫生服务机构资源的浪费。这样也难以发挥社区医疗在预防、保健和健康教育等方面的特殊作用，同时也不利于社区居民健康档案的建立。
2“.首诊制”“、双向转诊制”及与医院合作尚未真正实现社区卫生中心与市级大医院之间由于现行体制和利益的影响，各自分级管理、核算，在这种利益机制格局下，“双向转诊”很难实现。由于公立医疗体系是由政府拨款，所以政府有权决定社区卫生服务中心与其转诊的上级医疗机构，以及双向转诊的各项规定。
（二）社区卫生服务机构的经费及其管理
1.政府重视力度不够
中国的城市卫生资源的80%配置集中在城镇大中医院，社区卫生资源只占20%，很不合理。由于社区卫生体系建设尚处于初级阶段，各地经济发展水平的差异及政府重视程度的不同，有的地方虽出台了投入政策和办法，但不落实，力度也远远不够。其次，社区街道卫生机构资金基础较弱。给社区卫生站配置业务用房，增添设备及医疗服务人员都比较困难。这也直接造成了社区卫生服务站配备设施较为落后，社区居民不把社区卫生服务站作为就医首选的现状。
2.社区医疗服务人员业务水平有待提高
社区卫生工作需要全科医学人才，不但要有丰富的临床经验，懂各科医学知识，对于一般常见病、多发病能够准确诊断，妥善处理，对于在社区卫生站无法医治的病人，给予其最恰当的转诊建议。此外，还要掌握健康教育、心理咨询与疾病预防等方面的知识。但目前中国大多数的社区卫生服务机构医疗人员配备不足，工资待遇较低是其中的原因之一。这样就造成了社区“六位一体”的工作难以落实，很多是形同虚设。社区卫生服务机构的服务水平有限，不能满足群众多层次、全方位的医疗保健需求。
3.社区医疗卫生与基本医疗保险相脱节
社区卫生服务只有通过与基本医疗保险合作，才有能获得运作的资金保障。如果参保人员日常疾病都能首先到社区卫生服务机构就诊，就可解决社区卫生服务的主要经费来源。