以色列历史悠久，是世界主要宗教犹太教、伊斯兰教和基督教的发源地。犹太人远祖是古代闪族的支脉希伯莱人。公元前１３世纪末开始从埃及迁居到巴勒斯坦，曾先后建立希伯莱王国及以色列王国。
以色列最初是指一个民族而非地名，可查最早的记载出现在公元前1211年。在过去三千年的历史中，犹太人视以色列地为自己的民族和精神生活的核心，称之为“圣地”或“应许之地”。以色列在犹太教中具有特别的含义，包括圣殿遗迹和相关的宗教礼仪，都是现代犹太教传统的重要基础。从公元前1200年开始，一系列的犹太人王朝在这一地区存在了超过一千余年。
经历过亚述、巴比伦、波斯、希腊、罗马、拜占庭等古国的统治，犹太人在这一地区逐渐衰落并遭驱逐。尤其是在公元132年的一次大规模起义遭到镇压后，罗马帝国将犹太人驱逐出这一地区，将地名改为“叙利亚-巴勒斯坦”，企图抹灭犹太人千年来与这片土地相连的痕迹。虽然如此，仍有小部分犹太人一直留在巴勒斯坦，但主要的犹太人口从以色列南部移至了北部。犹太教最重要的两本经籍《密西拿》和《塔木德》经也是在这段时期写成。公元638年，穆斯林从拜占庭帝国夺取了该地区的控制权，之后数个穆斯林国家统治过这个地区；包括了倭马亚王朝、阿拔斯王朝，以及花剌子模和蒙古，在1260年至1516年间由马木鲁克统治，接著在1517年成为奥斯曼帝国一个省份。
锡安主义和犹太人回归
数个世纪以来，许许多多流亡海外的犹太人一直试图返回以色列。18世纪便有数波小型的回归潮，从数百到上千人不等。在1878年，佩塔提克瓦出现了第一个大型的犹太人农场殖民区。第一次大规模的回归浪潮则始于1881年，散居在世界其他地区的犹太人为了逃避迫害，开始回流到巴勒斯坦，即古犹太国之地。犹太人从奥斯曼帝国和阿拉伯人手中购买土地并且定居。随着犹太居民的增多，他们与阿拉伯人之间的关系也日趋紧张。
1896年，维也纳记者和剧作家西奥多·赫茨尔发起锡安主义运动（又称“犹太复国主义运动”），号召全世界犹太人回归故土，恢复本民族的生活方式。1897年8月29日在瑞士巴塞尔，他召集了第一届“世界锡安主义大会”，大会决议建立“一个得到公众承认的、有法律保障的家园(或国家)”。“犹太国民基金”和“巴勒斯坦土地开发公司”等相应机构成立，帮助世界各地的犹太人向巴勒斯坦移民。
锡安主义运动的发展推动了第二次回归浪潮（1904－1914年），约有四万名犹太人返回定居。1917年，英国外长贝尔福发表《贝尔福宣言》：“英王陛下政府赞成在巴勒斯坦建立一个犹太人的民族国家，并将尽最大努力促其实现”。1920年，国际联盟委托英国管辖巴勒斯坦。1922年英国将托管地划分为两部分：东部（现约旦）为阿拉伯人居住地，西部为犹太居民区。
第一次世界大战后，犹太人掀起了第三和第四次回归浪潮。在1929年爆发的一场巴勒斯坦暴动中，阿拉伯人杀死了133名犹太人。接著在1936年-1939年又有数场暴动发生。对此英国在1939年颁布了一份白皮书，限制犹太人的移民数量至75,000人，并且限制犹太人购买土地。这份白皮书被许多犹太人和锡安主义者视为是对犹太人的背叛，并且认为那违背了贝尔福宣言。阿拉伯人也并没有就此平息，他们希望完全停止犹太人的移民。
1933年，纳粹在德国执政，掀起第五次犹太人回归浪潮。1940年，犹太人已占当地居民总数的30%。后来在欧洲发生的犹太人大屠杀，进一步推动了犹太人回归。1944至1948年之间，愈20万犹太人通过各种途径辗转来到巴勒斯坦地区。第二次世界大战结束后，巴勒斯坦地区已经有60万犹太居民。
复国
1947年，鉴于犹太人与阿拉伯人之间的暴力冲突不断升级，和平努力受到挫败，英国政府决定从巴勒斯坦托管地脱身。犹太人的移民数量自从19世纪末以来一直稳定增长，受到二战中的犹太人大屠杀影响，犹太人复国的理念也获得越来越多的国际支持。联合国成立了“巴勒斯坦专门委员会”，1947年11月联合国大会表决了《1947年联合国分治方案》，33国赞成（包括美国和苏联），13国反对，10国弃权，通过决议：将巴勒斯坦地区分为两个国家，犹太人和阿拉伯人分别拥有大约55%和45%的领土，耶路撒冷被置于联合国的管理之下，以期避免冲突。
1947年11月29日，联合国通过分治方案的当日，大卫·本-古理安接受了该方案，但被阿拉伯国家联盟断然拒绝。阿盟委员会高层下令对以色列的犹太平民展开为期三天的暴力袭击，攻击建筑、商店、以及住宅区，紧接著犹太人组织的地下民兵部队展开还击，这些战斗很快便蔓延为大规模的冲突，继而引发了1948年的以色列独立战争。
1948年5月14日，在英国的托管期结束前一天的子夜，以色列国正式宣布成立。在1949年1月25日全国选举中，有85%的合格选民参加了投票，接着有120个议席的第一届议会开会。两位曾领导以色列建成国家的人成为该国的领袖，犹太人代办处领导人大卫·本·古里安当选首任总理；世界犹太复国主义组织领导人哈伊姆·魏兹曼由议会选为首任总统。1949年5月11日，以色列取得联合国的席位，成为第59个会员国。
1948年独立战争
在以色列建国之后，埃及、伊拉克、约旦、叙利亚、以及黎巴嫩向以色列宣战，开始了1948年的以色列独立战争。北边的叙利亚、黎巴嫩和伊拉克军队都在接近边界的地方被阻挡下来，来自东方的约旦军队则攻下耶路撒冷的东部，并且对城市的西部展开攻击。不过，犹太人的民兵部队成功的阻挡了约旦军队，而地下的国民军组织部队（Irgun）也阻止了来自南方的埃及军队。从6月开始，联合国宣布了一个月的停火令，在这段期间里以色列国防军正式成立。在数个月的战斗后，双方在1949年达成一则停火协议并划清暂时的边界，这条边界线被称为“绿线”（GreenLine）。以色列在约旦河的西方获得了额外的23.5%的管辖领域，约旦则占有以色列南部一块山地区域和撒马里亚，后来那里被称为西岸地区。埃及在沿海地区占有一小块的土地，后来被称为加沙地带。
大量的阿拉伯人口逃离了新成立的犹太人国家，巴勒斯坦人将此次流亡称为“大灾难”（النكبة），预计有400000至900000名巴勒斯坦难民流亡，联合国估计有711000人。以色列与阿拉伯国家之间未解决的冲突、以及巴勒斯坦难民的问题一直持续至今。随著1948年的战争，西岸地区和加沙地带的犹太人口开始撤回以色列，大量来自阿拉伯国家的犹太人难民使得以色列的人口遽增了两倍。在接下来几年里将近850000名瑟法底犹太人从阿拉伯国家逃离或遭驱逐，其中约有600000人迁移至以色列，其他的人则移民至欧洲和美国。
50年代和60年代
在1954年至1955年间，担任以色列总理的摩西·夏里特（MosheSharett）试图轰炸埃及未遂而爆发丑闻，造成以色列在政治上蒙羞。埃及在1956年国有化了苏伊士运河，英国和法国对此相当不满。以色列在遭到一连串阿拉伯地下民兵部队的袭击后，秘密的与英法两国结盟，并且对埃及宣战。在苏伊士运河危机后，三个国家遭到联合国的谴责，以色列被迫从西奈半岛撤军。
在1955年，大卫·本·古理安再次成为以色列总理，并且一直任职到1963年才辞职。在古理安辞职后，列维·艾希科尔（LeviEshkol）继任了总理。
在1961年，纳粹的战争犯、也是欧洲犹太人大屠杀主谋之一的阿道夫·艾希曼在阿根廷的布宜诺斯艾利斯遭到以色列的摩萨德（Mossad）情报局干员逮捕，并且被送回以色列接受审判。艾希曼成为以色列历史上唯一一个遭到法庭判决死刑的罪犯。
在政治舞台上，以色列和阿拉伯国家的关系在1967年5月再次紧绷。叙利亚、约旦、和埃及透露了开战的意图，埃及并且驱逐了在加沙地带的联合国维和部队。埃及违反了之前立定的条约、并且封锁了以色列战略要地的堤蓝海峡，接著又在以色列边界部署大量的战车和战机，以色列于是以埃及挑衅为由在6月5日对埃及展开先发制人的攻势。在这场六日战争中，以色列击败了所有阿拉伯邻国的军队，并且在空军战场上获得完全的胜利。以色列一口气夺下了整个西岸地区、加沙地带、西奈半岛、和戈兰高地，1949年划定的绿线则变成以色列管辖国内领土和占领区域的行政分界线。后来在签订一则和平协议后，以色列将西奈半岛还给了埃及。
在战争中以色列空军误炸了一艘美军的情报船自由号（USSLiberty），造成34名美军死亡。美国和以色列的调查总结认为这场意外是因为自由号的辨识困难而造成的误击事件。
在1969年，以色列的第一名（也是至今唯一一名）女性总理以色列前总理梅厄夫人当选。
1968年至1972年
这段期间被称为消耗战争（WarofAttrition），以色列和叙利亚、埃及间的边界频繁爆发许多小规模的冲突。除此之外，在1970年代早期，巴勒斯坦武装部队对以色列和各国的犹太人展开了规模空前的恐怖攻击，在1972年夏季奥林匹克运动会中爆发了慕尼黑惨案，巴勒斯坦的武装民兵挟持以色列的代表团成员作为人质，最后所有人质皆遭杀害。以色列对此展开了报复性的“上帝之怒行动”（OperationWrathofGod），由一群以色列摩萨德情报局的干员在世界各地行刺那些筹划慕尼黑惨案的幕后凶手。
最后，在1973年10月6日，正值犹太人传统的赎罪日那天，埃及和叙利亚对以色列发起了突袭攻势。尽管阿拉伯国家在战争初期成功打击了准备不足的以色列军队，埃及和叙利亚最终仍被以色列击退。战后的几年局势变的较为平静，以色列和埃及终于得以达成和平协议。
在1974年，伊扎克·拉宾继承梅尔夫人成为第五任总理。1977年的国会选举成为以色列政治历史上的主要转折点，从1948年来一直支配以色列政坛的工党联盟（המערך）遭到梅纳赫姆·贝京领导的联合党击败，这次选举在以色列还被称为是一场“革命”。
接著，在当年的11月，埃及的总统萨达特史无前例的拜访了以色列，在以色列国会进行演讲，这是以色列建国以来第一次获得阿拉国国家的承认。以色列军队的后备军官也组成和平运动以支持这次谈和。在萨达特拜访之后，两国间进行的和平谈判最后签下了大卫营和约。在1979年3月，贝京和沙达特在美国华盛顿特区达成以色列和埃及和平条约。随著条约的签订，以色列从西奈半岛撤军，并且撤离了自从1970年代开始在那里建立的移民区。以色列也同意依据1949年划定的绿线让巴勒斯坦获得自治权。
80年代
在1981年6月7日，以色列空军轰炸了伊拉克在奥西拉克（Osirak）建立的核子反应炉，阻止了伊拉克制造核武器的企图，这次任务又被称为巴比伦行动。
在1982年，以色列对黎巴嫩发动了一场攻势，卷入自从1975年以来一直进行的黎巴嫩内战。以色列的开战理由为保护以色列在北方的殖民区，当时殖民区经常受到来自黎巴嫩的恐怖攻击。在建立了四十公里的障碍区后，以色列国防军继续前进，甚至攻下了首都贝鲁特。以色列军队将巴勒斯坦解放组织逐出了黎巴嫩，迫使巴解转移基地至突尼斯。由于无法承担战争带来的压力，总理贝京在1983年辞职，由伊扎克·沙米尔（YitzhakShamir）继任。以色列最后在1986年撤出了大部分在黎巴嫩的军队，边界的缓冲地带则一直被维持，直到2000年以色列进行单方面的撤军。
在1980年代里，原本由伊扎克·沙米尔领导的右派政府被左派的西蒙·佩雷斯取代。佩雷斯从1984年开始担任总哩，但在1986年又被沙米尔取代，沙米尔达成了一个政党联盟的协议。在1987年爆发的巴勒斯坦大起义引燃了占领区域的一连串暴动，在暴动后沙米尔再次于1988年的选举中连任总理职位。
90年代
在波斯湾战争中，虽然以色列不是反伊拉克的联盟国之一、也没有实际参与伊拉克战事，以色列仍遭到39枚飞毛腿导弹击中。导弹并没有直接杀害任何以色列的公民，倒是有一些人因为不正确使用预备的防毒面具而死亡，除此之外一名以色列人遭到爱国者导弹碎片击中而丧命。在战事中，以色列也向在西岸和加沙地带的巴勒斯坦人提供防毒面具，以免他们遭伊拉克的生化武器攻击。尽管如此，巴解仍然表示支持萨达姆政权，一些巴勒斯坦居民甚至还站在屋顶上替来袭的飞毛腿导弹欢呼，虽然最后他们仍使用了以色列人提供的防毒面具。
在1990年代早期，苏联的大量犹太人开始移民至以色列，依据以色列的回归法，这些人在抵达以色列时便能取得以色列公民权。大约有380000人在1990、1991年抵达以色列。虽然以色列大众最初相当支持回归法，新移民造成的许多问题被工党作为选战中的把柄，批评执政的联合党没有解决他们的工作和住房问题。结果在1992年的选举中，新移民们大量投票给工党，使得左派再次抬头。
在选举之后，伊扎克·拉宾成为了总理。在选举中工党曾经承诺将会大为改善以色列的国内治安和与阿拉伯国家的关系。到了1993年底，以色列政府抛弃了1991年的马德里协议框架，改与巴解签订奥斯陆协议（OsloAccords）。在1994年，约旦成为继埃及之后第二个承诺与以色列和平共处的阿拉伯国家。
最初以色列大众广泛支持奥斯陆协议，然而在协议签订之后以色列仍然持续遭到哈马斯武装团体的频繁攻击，协议受到的支持也开始大量减少。在1995年11月4日，拉宾遭到一名极端的以色列民族主义者刺杀。
由于拉宾的遇刺，大众对于奥斯陆协议的观感也稍有好转，大为提升了西蒙·佩雷斯的支持度，使他赢得了1996年的大选。不过，新的一波自杀炸弹攻势加上阿拉法特赞美炸弹客的声明，使得公众舆论再次扭转，并且在1996年5月输给了联合党的本雅明·内塔尼亚胡。
虽然内塔尼亚胡被视为是奥斯陆协议的坚定反对者，他仍然决定从希伯伦（Hebron）撤军，并且签下了怀伊备忘录（WyeRiverMemorandum），给予巴勒斯坦民族权力机构更大的自治权力。在内塔尼亚胡任内巴勒斯坦团体对以色列平民的袭击活动大为减少，然而他的联合政府仍然在1999年垮台。在1999年选举中工党的埃胡德·巴拉克以大幅票数差距击败内塔尼亚胡而继任总理。
2000年后
巴拉克在2000年决定单边的从黎巴嫩撤军，这次撤军也是为了阻挠真主党对以色列的攻击，迫使他们不得不跨越以色列边界才能发动攻击。巴拉克和亚西尔·阿拉法特曾在美国总统比尔·克林顿的斡旋下于2000年在戴维营进行协商，然而协商最后失败了，巴拉克提出的条件是一个由73%西岸地区和100%加沙地带组成的巴勒斯坦国家，并且在10至25年时间内将西岸地区的巴勒斯坦领域扩展至90%（排除耶路撒冷郊区则是94%），但阿拉法特拒绝这个提议。
2003年6月4日，在乔治·沃克·布什主持下，巴勒斯坦权力机构主席马赫姆得·阿巴斯和以色列前总理沙龙于约旦相会。在谈判破裂后，巴勒斯坦开始了第二次的暴动，被称为阿克萨群众起义，暴动开始的时间就发生在以色列反对派领袖艾里尔·沙龙访问耶路撒冷圣殿山（TempleMount）之后不久。协商的失败以及新战争的爆发使得许多以色列人对巴拉克政府感到失望，并且也使和平协议的支持度大减。
在一场总理的特别选举后，艾里尔·沙龙在2001年3月成为了新的总理，稍后又在2003年的选举中当选了连任。沙龙开始从加沙地带进行单边的撤军，这次撤军在2005年8月至9月间实行完成。
以色列也在西岸地区建立了围墙，目的是为了保护以色列免遭武装巴勒斯坦团体的攻击。为了建立长达681公里的围墙，接近围墙的缓冲地区也连带的减少了9.5%的西岸地区面积，使得巴勒斯坦居民的经济状况遭遇困难。围墙的建立遭致了国际间的许多批评，也遭到一些以色列极左派的批评，不过，围墙的确有效的减少了对以色列平民的恐怖攻击事件。
在艾里尔·沙龙严重中风之后，总理权力转移给了艾胡德·奥尔默特。在2006年4月14日，在前进党赢得了大选后，奥尔默特当选为以色列总理。奥尔默特的前进党也在2006年的2006年的选举中赢得了多数派席位。
在2006年6月28日，哈玛斯的民兵部队从加沙地带挖地道潜入以色列境内攻击以色列国防军的据点，俘虏了一名以色列士兵必且杀害了其他两名。以色列对此展开了夏雨行动，大量轰炸哈玛斯目标以及其他桥梁、道路、以及发电站。以色列也派军占领此地区。
2006年6月13日爆发的以黎冲突发生在以色列北部和黎巴嫩地区，主要是介于真主党和以色列之间的冲突。冲突始于真主党之前在一次跨越边界的恐怖袭击行动中杀害了八名以色列士兵并且俘虏其他两名，以色列认为黎巴嫩政府必须对这次攻击负起责任，因此从海上和空中对黎巴嫩展开轰炸，并且进军黎巴嫩南部。真主党继续使用火箭攻击以色列北部，并且以游击队的打带跑战术袭击以色列军队。最后以色列在2006年8月14日达成一则停火令。这场冲突杀害了一千名黎巴嫩平民、440名真主党民兵、以及119名以色列士兵，也对黎巴嫩城市的基础建设造成了庞大损害。