增值税防伪税控系统是国家为加强增值税的征收管理，提高纳税人依法纳税的自觉性，及时发现和查处增值税偷骗税行为而实施的国家金税工程的主要组成部分。增值税防伪税控系统是金税工程的重要组成部分，金税一期主要就是防伪税控系统和交叉稽核系统，金税二期将协查系统纳入后，通常所讲金税工程四个子系统中防伪税控系统占两个，即开票子系统和认证子系统。防伪税控系统也是金税工程的基石，没有防伪税控系统准确、完整的数据发票信息采集，后面的交叉稽核和协查也就失去了基础。
税务部门和企业利用该系统能独立实现发票的防伪认证，不需联网即可随时随地稽查假发票和大头小尾的“阴阳”票。同时，从该系统的报税子系统取得的存根联数据和认证子系统取得的抵扣联数据将直接进入增值税计算机稽核系统，通过增值税计算机稽核系统，对增值税专用发票信息和纳税申报信息进行全面的交叉比对，及时掌握税源情况和发现增值税税收管理过程中的各种问题，能够遏制利用增值税专用发票违法犯罪行为。增值税防伪税控系统业务是基层税务人员和企业会计人员不得不学的基本业务。