张居正死后初期，神宗尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历十四年后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺。此后每年元旦神宗再也不视朝。自万历十六年后，常朝也经常看不到神宗。神宗整日在深宫中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年还进行选美。神宗还好营建，经常大兴土木。在他廿一岁时就开始筹建陵园。万历十七年，大理寺左评事雒于仁上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气，结果被贬为民。神宗还派矿监和税监搜刮民间财产，导致多处民变发生。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。
万历朝包括援助朝鲜王朝抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏哱拜之乱、平定贵州杨应龙之乱的万历三大征都取得了胜利。万历四十六年（1618年），后金努尔哈赤以“七大恨”告天，誓讨明朝。次年在萨尔浒之战中大败明军，明朝对女真从此转为战略防御。