由于疾病的发生、发展根本原因是阴阳平衡的失调，因此调整阴阳，恢复阴阳相对平衡，促使阴平阳秘就是治疗疾病的根本原则。针对阴阳盛衰，采取补其不足，泻其有余，使阴阳偏盛偏衰的异常现象得到纠正，恢复其相对平衡状态。中医常用“寒者热之，热者寒之，实者泻之，虚者补之”的治疗原则，促使失调的阴阳重新恢复到相对的平衡。
在用药方面，我国医学将药物的气味、性能也分别归纳为阴阳两种属性，以此作为处方选药的依据之一。如以药性的寒、热、温、凉四气来分，寒、凉属阴，温、热属阳；以药物的辛、甘、酸、苦、咸五味来分，辛、甘为阳，酸、苦、咸为阴；以药物的升、降、浮、沉（一般性能）来分，升、浮为阳，沉、降为阴等等。临床上就是根据病情的阴阳偏盛偏衰，确定治疗方案，再结合药物的阴阳属性、作用，选择使用相应的药物，这就是“治病必求于本”的含意。如阴不足要滋阴，阳不足要温阳，又如中医认为“阳盛则热、阴盛则寒”，故阳偏盛要清热，阴偏盛要祛寒，以此来调整阴阳的相互关系，恢复阴阳的平衡，达到治疗疾病的目的。