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2008年3月上旬，安徽省阜阳市几家医院陆续收治了临床表现以发热伴口腔、手、足、臀部皮疹为主的病儿。他们大都被诊断为呼吸道感染，但症状并不典型，因此被部分媒体称为“怪病”。半个月后，这种“怪病”因3天内出现5名儿童相继死亡才引起人们的注意。
　　疫情被相继上报到阜阳市卫生局和安徽省卫生厅，接着，卫生部的专家也抵太阜阳进行调查。
　　此时，阜阳当地的“怪病”情况越来越严重。大批疑似病例者涌入了阜阳市人民医院、第二人民医院。孩子们大都反复发热，手部、足部、臀部和口腔出现疱疹。病儿大多来自农村，由于大量劳动力外流，这些患病的“留守儿童”令爷爷奶奶们心急如焚。
　　为探明真相，更多的标本被送到中国疾病预防控制中心。
　　4月23日下午，在5个死亡病例的标本中，专家检测到了肠道病毒71型（EV71）的核酸，并经过测序（检测病毒的核酸序列）得到证实。另外，从21个仅仅在手、足、口这些部位出现皮疹的轻型病儿身上，也检测到了EV71的核酸。
　　与此同时，临床专家和流行病学专家的调查结果，也支持实验室的这一检测结果。4月23日23：00，卫生部专家组最终确定，传染病的“元凶”就是EV71，由它引起的手足哭啼丙，导致22个孩子死亡。
　　4月27日，新华社向全国发布此病的相关消息。
　　5月2日，卫生部决定，将手足口病列入传染病防治法规定的丙类传染病进行管理。