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五四前后“德先生”、“赛先生”来了，随着新文化运动的开始，在打倒孔家店的吼声里，在取消汉字走世界统一拼音文字道路的新潮冲击下，指导中医学理论的阴阳、五行，已经被民族精英们打入玄学、迷信的行列。中医学在失去了脏腑解剖正确性之后，又痛失指导理论，即使在临床之中仍然使用这些理论指导，也只能是“私下里”的个人行为，说出去要遭人笑话，想发表出来没有人给你刊登，“中医失语了”，这失语症一发就是几十年，到现在仍然没有痊愈。“万能院士”何祚庥到现在仍然和中医过不去，仍然说中医是伪科学，原因就是中医到现在还使用阴阳五行学说。
“中医科学化”一直是很时髦的口号，从民国到解放初期，一直是中医界的一个响亮的口号，也是中医对外表示不保守、不甘落后的一种姿态。解放初期制定中医政策，依据的就是中医科学化。要研究中医，要把中医“提升到”现代科学的水平。因此，“废医存药”是必然的选项。废医派人士的代表余云岫就明确提出“废医存药”的主张，他主张研究中医，是要西医来研究中医，而不是中医自己研究，因为他坚信中医不科学，中医人也不具备科学的素养，没有研究中医的资格，而只有等待研究的义务。“废医存药”的主张，虽然在建国后不再有人这样明说了，而实际上“废医存药”的做法，在今天仍然还有市场。
西医学习中医，中西医结合，是一种尝试，是一场政治运动，有利于团结中医与西医，也有利于窥视中医的“袖里春秋”到底是否有效。中医在科学、西医、哲学的目光下，一直被审视着，事实证明中医的效果是可靠的，经得起验证的，而且其疗效是可以重复的。
中医阴阳本质、气血本质、脏腑本质、证本质的研究，虽然花了学者们不少心血，也在不同的指标上，说明了其有“客观”依据，但是，仍然不能完全揭示基本质特征。