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《六十种曲》之名并不始自原刻，因为最初这部曲选是分为六套陆续刊行的，后来清初重刻时一次出书，才有了《六十种曲》之名。
《六十种曲》是当时名满天下的汲古阁编辑刻印的。汲古间主人毛晋（１５９９-１６５９），字子晋，原名风苞，字子久，江苏常熟人，我国历史上最著名的藏书家、出版家之一。明诸生，曾受业于钱谦益。好古博览，嗜书成癖，聚书富甲天下。搜求古书异本，不遗余力，以至当时有这样的谚语：“三百六十行生意，不如鬻书与毛氏”。建造汲古阁、目耕楼，藏书多达八万四千余册。求得秘籍善本，或手自校订，或延请专家名士勘阅，然后刊行于世，校勘、雕板、用纸、用墨都很讲究，吴伟业曾赞道：“缮写精校镂板工”。平生所刻之书达六百余种之多，就私家刻书而言，可谓“前无古人，后无来者”了。在毛晋的刻书宏业中，《六十种曲》显然算不得“重点项目”，比起《十三经注疏》、《津逮秘书》、《十七史》等巨帙，只不过是蕞尔小国而已。但是在戏曲文献的天地里，它却是没有匹敌的泱泱大国了。
由于毛晋并不着通戏曲，因此后人多有认为《六十种曲》的编选是请行家代庖的。在毛晋的亲朋好友中，人们注意到了三个人：陆贻典，凌濛初和冯梦龙。陆氏字勅先，是毛晋的姻亲，也是个有名的藏书家，对戏曲很有研究，他影抄的元末《琵琶记》，是现今尚存的最好版本之一，他曾为毛晋校订过《唐英诗歌》。凌濛初，字初成，号即空现道人，以编刻了两集《拍案惊奇》闻名于文学史，同她也着于戏曲，曾改编过剧本，着有曲论《谭曲杂札》，选有南曲选本《南音三籁》，他的号“即空观道人”与《六十种曲》的序文题署“阅世道人”、“得闲主人”、“静观道人”、“闲一道人”、“思玄道人”，意味颇近》匀梦龙在戏曲小说方面都有很高成就，是著名的“三言”的编撰者，曾创作、改编十多种传奇作品，以《墨憨斋定本传奇》之名刊行，还选有《太霞新奏》曲集。这三个人看来是完全有可能参加《六十种曲》的编选工作的，但究竟有无代庖者，谁是代庖者，目前尚缺确凿信实的证据，有待于新的发现。
《六十种曲》之所以能广泛而长久地流传于世，主要是选收剧目得当。南戏、传奇作品的数量非常大，仅就明人传奇而言，有目可查者就多到九百五十种（此据傅惜华《明代传奇全目》）。编者披沙拣金，照顾各面，选辑六十种成集，既使得内容丰富充实，又兼顾到篇幅适中。从选收的剧目看，“荆、刘、拜、杀”和《琵琶记》是宋元南戏的传世名篇，对传奇的发展产生过巨大的影响。《西厢记》是元杂剧的代表作，明人有多种改编本，编者选了其中一种，而把原作附录在该套之末，并不是编者南北不分。明人的作品选收了戏曲巨匠汤显祖的全部作品，还有《浣纱记》、《绣襦记》、《鸣凤记》、《玉玦记》、《玉簪记》等，都堪称为明传奇中的精品；有的作品虽非上乘之作，但是各具特色，如《西楼记》、《义侠记》、《鸾鎞记》、《蕉帕记》、《锦笺记》等，严奉曲律，音韵协调；《玉镜记》、《狮吼记》、《东郭记》等，诙谐幽默，机趣横生。《六十种曲》选收剧目还注意戏剧文学所特有的舞台性。明代曾出现过一些头巾气十足的剧作，象邱濬的《五伦全备记》便是典型的封建说教剧，这类“酸腐”的案头戏，编者屏之不选。《六十种曲》大都是当时广泛传唱的场上之作，几乎每个剧都有精彩的折子成为昆曲的保留剧目，传演不衰。
当然，从今天研究戏曲的要求来看，《六十种曲》终归因历史的限制显得不那么完美，一些好作品没被编入，如《宝剑记》、《红梅记》、《娇红记》、《连环记》等，有些作品格调不高，技巧平庸，不应编入。尽管如此，我们今天研究或了解明代传奇，《六十种曲》仍不失为一部极有价值的选本。
《六十种曲》的最早刻本是明末崇祯年间汲古阁的原刻本，可惜原刻本已无完帙，都成单行本，流传至今，仅有三十多种，很不容易见到了，好在《古本戏曲丛刊》中影印了二十多种，尚可镜中观花，望其风采。清初重刻本《六十种曲》校勘欠精，版本价值远不及原刻本。１９３５年，开明书店排印出版，错漏不少。解放后；１９５４年，文学古籍刊行社用开明书店纸型。重印，作了较全面的校勘订补，经过这次整理，《六十种曲》基本臻于完善，１９５８年、１９８２年，中华书局先后两次重印，使之成为最通行易得的本子。